Так, подебажил немного и со временем стало понятно. Они запихнули вызов процедуры установки сис тиков в зависимости от RTC (SET_TOD) в обработчик INT 19H. Но фишка вся в том, что XT-IDE заменяет INT 19H на свой собственный. И когда основной биос просканил add-ROM расширения и загрузил их (XT-IDE BIOS), то в конце он вызывает INT 19H. Только там уже INT 19H не Поисковый, а XT-IDE'шный. Поэтому процедура SET_TOD никогда не вызывается. Поэтому с дискетой без XT-IDE время будет работать. Пофиксить имхо легко - нужно перенести вызов функции SET_TOD из обработчика INT 19H куда-нибудь повыше, например перед вызовом INT 19H.

Но с датой то что не так? Вот это вообще загадка на миллион. Пойду дебажить дальше.