Обновил эмулятор, добавил параметр командной строки /brk xxxx
Использовать, например, так:
EMU.exe /brk F800
EMU.exe /brk 0000,1234,C000 (адреса обязательно через запятую и без пробелов)

Вариант с сохранением в файле:
EMU.exe /brk @mybreakpoints.txt