У меня только предположение, что тайминги сигналов, управляющих ОЗУ, где-то съехали. Как при чтении, так и при записи на ОЗУ должны быть поданы сначала младшие 8 разрядов адреса, потом сигнал RAS, потом старшие 8 разрядов адреса (для этого адресные мультиплексоры должны переключиться по сигналу SWA), потом сигнал CAS. При записи одновременно с подачей старших разрядов адреса должен быть установлен один из сигналов ЗП1 или ЗП2.

Если один из сигналов приходит не вовремя, то либо чтение или запись пройдут по неправильному адресу, либо вообще информация начнет разваливаться. Почему это происходит только со второй половиной ОЗУ - вопрос. Наверно, надо копать в районе D28, D29, которые отвечают за подачу старших разрядов адреса. Возможно, эти микросхемы слегка придерживают адрес и некоторые микросхемы ОЗУ вместо адреса столбцов ловят адрес строк.

Также надо проверить R24-R27. Если у одного из них обрыв, "звон" на адресных входах ОЗУ увеличится. Лучше им выпаять одну ногу и померить омметром.