Понятно. АТмеги не имеют независимого тактового генератора и в режиме программирования они пользуются своим основным и единственным, который программируется фьюзами. Эта гениальная, не имеющая мировых аналогов, находка дизайнеров AVR -- бесконечный источник развлечений для всех их любителей на протяжении десятилетий. Если ATmega запрограммирована на внешний кварц, она не может общаться с программатором, пока не заведется ее генератор. Если нету кварца (годится практически любой на самом деле), или он не заводится почему-то, можно попробовать подать ~ 100кГц на XTAL2.

Свежая только что из печки АТмега отвечает просто потому, что фьюзы по умолчанию выставлены на использование внутреннего RC-осциллятора. Как правило это не проблема, потому что в штучных проектах их программируют внутрисхемно уже запаянными, с полным обвесом, в том числе с кварцем.