JV-Soft, Интересный проект, посмотрел Вашу плату в DipTrace. Вы в ручную разводить не пробовали? Я обычно после авто трассировки корректирую вручную, иногда получается, что 70% уже разведенного переделываю заново.
Заметил неподключенные, но нарисованные дороги на ISA-B1: Площадка 1, Резисторы R1 и R8 (11 и 10 площадки соответственно)
А площадки вокруг U1, для флешки большего (размер корпуса) объема или просто для удобства разводки? Насколько важно площадки (см. схему) XT1-XT4 именно в таком как у Вас порядке? Просто если некоторые поменять местами, то переходных отверстий можно поубавить

У меня как раз завалялась новодельная сега с прошитыми игрушками и пара DVDюков найдется, поломать чтоли