dhau, нужно собирать схему согласования 5В<->3.3В если вывода GPIO RPi3 не толирантны к 5В.
Вот парочка статей для теоретического ознакомления, что применить конкретно в вашем проекте решать вам:
Согласование логических уровней 5В и 3.3В устройств
http://catethysis.ru/logic-level-converters-1/
МОДУЛЬ СОГЛАСОВАНИЯ УРОВНЕЙ 3.3 <-> 5 ВОЛЬТ

Вторую проблему, которую вам предстоит решить, это передача данных через GPIO RPi3 и скорость его работы, т.е. нужно будет успевать анализировать состояния шины MSX и реагировать на нужные вам.