Если быть точнее, загрузчик системы из биоса ищет файл конфигурации на винте и на дискете, не найдя на винте он переключается на дискету, вот в этот момент и могут быть проблемы. Без работающего контроллера дисковода установить систему сложно, разве что перенести систему из другого винта подправил параметры загрузки на пс в каком нибудь редакторе.