FAT имеет смысл, если ОС (MSX-DOS) поддерживает изначально файловую систему, если между ОС и диском существует некая прокладка (эмулятор чего-то там), если это самописная ОС. Можете изучить реальный проект с CF-картой (и не только) Альтаир ДОС v3.x от уважаемого Error404. Правда, там Z80, но общие принципы никто не отменял.