Компьютер для CP/M. Формулировка ТЗ.

[HardWareMan]

Но 6502 неудобен от того, что он вообще не поддерживает 16-ти разрядность и нет адресации к ОЗУ через (HL) или (IX), (IY).

Потому, что там нет этих самых HL, IX и IY. Зато там есть, как вы сказали, 256 псевдорегистров (Zero Page) и работают такие команды:
LDA ($10),Y
STA ($20),X
Что дает нам EA как ($0010)+Y и ($0020)+X соответственно. Это аналогично IX+d/IY+d, только этих самых IX/IY получается может быть 128. Так-то!