За давностью могу и ошибиться.

Если ПЗУ стандартная, не патченая под NeoGS, то по сбросу или включению питания страницы проверяются. Этим обуславливается долгая задержка после старта, после проверки мы слышим характерный "пук" в колонках, и GS готова к работе.

В NeoGS эту проверку убрали, т.к. при значительном объеме памяти она занимала достаточно много времени, что не есть удобно. Теперь при старте просто выставляются переменные.