Похоже получится сохранить все частотные параметры и добавить детект окончания семпла, если принять пару ограничений:
1. Семплы (сами аудиоданные) должны быть четной длины.
2. Если в семпле есть зацикливание, то оно должно быть с четной позиции.

Планирую два вида инструментов:
1. "Конечные", с зацикливанием последнего отсчета.
2. "Бесконечные", с зацикливанием фрагмента семпла.
Казалось бы, первый вариант можно свести ко второму, но тогда основной цикл будет колбасить и другому каналу тоже достанется. Это костыль, который должен помочь преодолеть несовершенство второго варианта.

Так пойдет?