ну про ATX/mATX уже говорили. Про мышь - как вариант освобождения компорта, реализовать бортовой контрллер kempston мышки. Но тогда нужно в Альтере убирать проброс мышки на вн.порт проца и убирать эмуляцию кемпстон мышки из альтеры+есть ещё страница дешифрации, там тоже подчищать надо. иначе баги...