Может я не понимаю что-то, если файлы образов разных размеров, то тогда надо хранить не только номер первого сектора, но и номер последнего сектора этого образа и все, разве нет?
Хотя я согласен, что можно начать с не дефрагментированного варианта, а дальше, при необходимости, можно и доработать по полной.