Была такая "плавающая" ерунда с микросхемами памяти РУ5 на Орионе. Правда, на одном, конкретном экземпляре. Смотрите RAS/CAS, возможно один из сигналов нужно подзадержать конденсатором на 10-68pF. Как вариант, помехи по питанию.
Питание на прошиваемую мегу подавали с программатора или с платы компьютера?
Я делал так: плата с припаянными контроллерами подключалась к программатору, с него же подавалось питание. Зашивались оба контроллера и после этого запаивалось всё остальное.





Ответить с цитированием