Итак, вижу 2 варианта:
  1. Совместимый с оригиналом - посмотреть журнальную схему и схему варианта 512.3. Новые сигналы вывести на 3-й ряд разъёма;
  2. Придумать свой разъём, но тогда и все устройства надо "свои" делать".

Так что вероятнее всего вариант №1...

- - - Добавлено - - -

Так же актуально по питанию - может делать на каждой плате с большой логикой разъём MOLEX (для дисковода) и эти же линии пускать на кросс-плату? Тогда слаботочные платы смогут питаться от кросс-платы.
Или сделать питание через кросс-плату и MOLEX'ы ставить там (штуки 3)?

- - - Добавлено - - -

PS: Где 3-х рядные DIN'ы подешевле можно найти? На алике вообще что-то дикое - около $4 за разъём.