скюз ми - ни разу не видел аппаратных корок для ps/2 внутри плис альтера. вся логика плис делиться на плл, лут, тригера, блочную память (это типа джентльменский набор). При этом ПЛЛ это грубо говоря синтезатор частот. на вход поступает внешняя частота (в общем случае с генератора) - на выходе требуемая частота для работы "схемы" внутри плис. Это такой аппаратный модуль (чёрный ящик), который настраивается снаружи (заданием нужных сигналов на выводах этого ЧЯ). а корка облегчает сей процесс (там очень много различных параметров) те создаётся некий исходный текст в котором будут прописаны все параметры этого ЧЯ. Весь проект состоит в общем случае из hdl-описания(vhdl, verilog итд) и файлов ограничений (задание временных ограничений, назначение соответствия цепей внешним выводам, а также их типа ttl, cmos , lvd итд), .
пс: я под забыл которая плис у Вас используется? Я не совсем корректно применил понятие ТОП. ТОП - это модуль который больше нигде не используется (в других модулях).