Попробуйте залить утилитой FL16.com из MSX-DOS, поставив только джампер A16. Потом переставьте джампер на нужный маппер. Кстати, были некоторые ROMы, у которых маппер был "поправлен", так что возможно то, что Вы ставили не совпадало с тем, на что была заточена игра.

Возможно проблема в Альтере. У меня была одна бракованная Альтера, которая работала только в режиме Konami4, а в остальных отказывалась запускать что-либо. Но позволяла заливать ROMы в режиме A16, так что была условно пригодна. В итоге картридж получился одномапперным.

Metal Gear 1 имеет маппер Konami4, Metal Gear 2 имеет маппер Konami5. Попробуйте залить и выставить эти мапперы. Попробуйте каждую игру запустить на каждом из мапперов. Картриджу это не повредит, а вот найти нужный маппер поможет. Конечно с условием, что картридж исправен...