ISP и сброс возможно, только подскажите на какие выводы ISP вешается. Просто штырьки сделать?
Атмегу можно приводить в чувство программным методом, всё есть в описании видеоадаптера
По разводке платы... третий вариант лежит в руинах, не нравится он мне.., тем более, что особо времени на новую разводку нет. Так что либо ждать, либо... Со своей стороны обязательно добавлю микро-системный разъём (с неполной адресацией, ибо для полной нет смысла).