БК-0010 + SMK-512 + образ CF

[gid]

Я хочу пересобрать образ под CF меньшей ёмкости, можно обойтись без этого раздела?

Нет. Но можно задать этому разделу минимальный размер - одну дорожку

Как этот раздел связан с электронным диском в памяти?

Традиционно диск под номером 5 (буква E) занимает электронный диск, если его драйвер установлен, если не установлен - то это будет раздел жёсткого диска №3.
И если как сказано выше, сделать ему минимальный размер, некоторые ОС могут неправильно себя повести, поэтому ему был оставлен стандартный размер 800кБ. На всякий случай.

Останется эл. диск без этого раздела?

Как было сказано выше - будет электронный диск или не будет, зависит от драйвера электронного диска. И никак не связано с какими-либо разделами HDD.
И если вы например исключите этот зарезервированный раздел из своего CF, и вдруг решите задействовать электронный диск, то лишитесь доступа к третьему разделу своего CF, на котором может быть что-нибудь полезное.
Потому что тут не как в виндовс, буквы разделам не назначаются произвольно, а задаются жёстко последовательно: раздел №1 - С, раздел №2 - D, раздел №3 - E и т.д.
потом в ход идут маленькие буквы и иногда даже символы [,],^_, <,|,>,~, когда разделов чересчур много.

2) Запуск ОСБК возможен только с оригинального контроллера НГМД?

Теоретически, можно было бы как-то заставить работать ОСБК с диска С, но нет знатоков, кто бы этим занялся.