Может ли такое быть, что плохая загрузка БК0011М связана с использованием ре-мулятора, может ли он как то влиять на работу драйвера загрузки с ленты?
Очень теоретически. Если ремулятор работает быстрее ПЗУ, то драйвер может работать не так, как из настоящего ПЗУ. Там задержки завязаны на тайминги выполнения команд, и если они собьются, то надёжность будет не очень.