Чем пользуюсь для сравнения, по убыванию:
Способ 1, под Linux - сравнение файлов/директорий в mc, или утилита hashdeep
Способ 2, под DOS/Windows - утилита fc с ключом /b
Способ 3, универсальный - запаковать архиватором, просмотреть содержимое архива, будет указана контрольная сумма каждого файла в архиве.
Способ 4, экстремальный - написать простую сравнивалку на Паскале.