До конца работу по прерываниям не добил, но весьма продвинулся. Сама система уже грузится, а вот программы пока нет. Вроде как слетает на запросах с длиной больше одного сектора - специфичность работы контроллера CF сказывается, надо подобрать правильную последовательность команд для него