Поэтому вопрос к автору, в чём может быть проблема, что смотреть, где копать, почему не 640 Кб?
Похоже, что битая одна из микросхем IS61C1024 на новодельной плате, как раз в самых старших адресах. По идее это крайняя правая микросхема, в версии от Atomic это D5. Но может быть и косяк на вашей плате в соединении ее пинов A15 к 18 ноге GAL и A16 к 19 ноге GAL.