Я вот тут подумал: Если с одним и тем же шлейфом и одними и теми же перемычками дисковод работает на СМК-64 и НЕ работает на СМК-512 там ли мы ищем проблему? У меня после года лежания на полке СМК-512 тоже как-то странно работал с дисководом, когда я экспериментировал с прошивкой ПЛИС. После того как я потыкал паяльником в ножки ПЛИСки и заодно в ножки буферных микросхем интерфейса дисковода, работать стало предсказуемо - работало на отлаженной прошивке и не работало на косячных, а не как попало - то работает, то нет.

И оффтоп, вопрос к сведущим людям: который из дисководов с реле опускания головки, а который без? МС-5311 или МС-5313?
Потому что у меня два дисковода МС-5311, один живой, второй - скорее мёртв, чем жив, и оба без реле, а в интернете встречаются фотографии МС-5311 и МС-5305 с реле, а МС-5313 - без реле.
Про эти реле я слышал только плохое, они вроде как любили перфорировать дискеты, поэтому их обычно снимали, от греха подальше.