Что-то столько вопросов за один раз - сложно осилить

1) Что записывать в ПЗУ чтобы работали ОБЕ версии - ZC и DIVMMC? - соберите сами прошивку (Makefile там есть), чтобы в одной половине было то что нужно для divmmc, а во второй половине - то что нужно для ZC, чтобы переклбчать перемычной банки.

2) обвязка для AD724 под NTSC - это, конечно, хорошо, но тогда и код надо править так, чтобы развертка тоже была NTSC Иначе кина не будет. Был ли в природе пентагон под ntsc я даже не знаю. И это значит, что с бордер-эффектами можно будет попрощаться.

3) NMI должна перехватываться модулем divmmc и показывать NMI browser. Если этого не происходит, значит ESXDOS не проинициализировался. При включении есть стартовое меню ESXDOS, там где отображается список найденных устройств и загруженных модулей с SD карты ?

4) То что CPLD греется - значит где-то есть конфликт, ну либо по скорости не выгребает. Без предоставления исходников сложно понять, что вы там наделали