Пишу шедевр для «Вектора 06Ц»

[Ramiros]

Загрузчик по умолчанию программирует все 3 порта второго ППА на ввод, никаких подтягивающих резисторов на входах нет, стало быть, без подключенного джойстика из порта B считывается 0, что игра ошибочно воспринимает как нажатые клавиши джойстика.

Но как оно в таком случае работает на реале (без джойстика)? Что я не учитываю?

С чего вы решили что будет 0? висящие в воздухе входа (т.е. затворы полевых транзисторов) работают как антена и отлично ловят наводки. Там скорее будет считываться 1, ну или шум.