Ситуация довольно однозначная, проблема с выполнением кода из озу (с чтением кода команд, как я понимаю). Могу только предположить, что хотя на бумаге циклы чтения кода команды и чтения данных одинаковы, но в реале какие-то сигналы (адрес, DBIN, ...) формируются в цикле выборки команды с другими задержками. Оригинальных предложений нет, разве что попробовать уменьшить частоту до 3 МГц или подумать над введением торможения. Портированный NEO SPECTRUMANом бейсик в полном варианте тоже так работать не будет, т.к. у него часть кода в озу.