alx32,
1) Попробуйте последнюю прошивку CPLD с гитхаба, там уменьшена скорость клока SD-карты с 14 до 7МГц;
2) А если другую карту вставить?
3) Прозвоните сигналы SD_CS, SD_MOSI, SD_MISO, SD_SCK, SD_CD - пропаяны ли, не замыкают ли на питание/землю/другие сигналы.
Без SD компьютер нормально запускается?