Первое: Альтеру можно прошивать с остальными установленными деталями?
Всегда так делаю. Но может попасться альтера с прошивкой, настраивающей входы типа nWR, nRD и т.п. в выходы, что может (в теории) привести к выгоранию. Так что безопасней вынуть всё из панелек.