Я в своей копии репозитория "потрогал" много исходников в hdl/*, заменял <TAB> на 4*<space>, выравнивал. Короче, делал для себя читаемый текст.
Так что придется делать git reset и аккуратно делать rebase. Займет какое-то время на адаптировать. Как запущу - выложу результат теста