Так сам флаг необязательно корректировать, можно сохранять последний результат несовместимой команды и потом, когда надо, просто проверять его на чётность каким-нибудь OR. И для скорости иметь два набора таблиц с двумя вариантами эмуляции, которые будут неявно переключаться (тот самый "inc h" или "ld h,?") после команды, чтобы для совместимых не замедляться сохранением и проверкой результата.