эти же самые флешки ведь работают нормально на XT, Поиск-2, в винде 98 тоже
я думаю здесь все гораздо прозаичней кривоватая реализация IDE канала, которую надо фиксить в альтере(-ах).
в карабасе же пофиксили.
более того, на спринтере как известно два канала IDE, но второй канал сейчас отключен в прошивке по причине нестабильной работы. вполне возможно корень проблемы тот же.