Вообще-то подключать джой от Atari/C64 к MSX опасно и чревато... Может прокатить а может не прокатить, так то. Простой переходник с перепиновкой решает проблему (когда-то такой себе сделал, а в другом джое который легко разбирался внутри перепаял кабель чтобы распиновка была как у MSX и все). Не уверен что у тебя есть проблема со вторым портом потому что игры иногда в меню читают оба порта а в самой игре только первый. Но лучше не совай чужие джои в MSX