Народ, а зачем делать "как на [вписать рандомную систему]"? Только ради того, что б было, как в MS-DOS, или еще какие-то загрузочные сектора?
Давайте посмотрим с точки зрения рядового пользователя: ему главное, что б было просто. У большинства в качестве автозагрузки будет стоять TR-Dos Navigator или Wild Player - это вполне подходит под концепцию загрузочного файла в корне FAT32.
В случае поддержки загрузки .spg файлов тут все просто. Или переименовать в boot.$c - если надо "как на Эволюшене"
В чуть более сложном случае этим самым файлом может быть не TRDN или WP, а наш местечковый аналог GRUB - меню с выбором загрузить TRDN, WP или перейти к загрузке IsDos или CP/M (если для нее будет написаны драйвера для работы с hdd)

Для ортодоксов с архивом trd-образов на MFS-разделе - есть старая добрая автозагрузка образа.

Мой посыл в том, что если делать бут сектор - то какие в этом преимущества для использования?
Как мне кажется делать поддержку загрузочного сектора с FAT32 имеет смысл только в случае, если будет добавлена работа напрямую с файлами на этом самом FAT32 - тогда можно ожидать буст в удобстве использования Скорпионом - не нужно будет придумывать как работать с FAT - это все будет давать ПЗУ.
Портировать двух-дисковые игры для работы без смены дисков, не заморачиваться со специальными форматами дисков, что б вмесить всю озвучку для GS. адаптировать текстовые редакторы для работы с файлами размером более 64к (хотя кому это может быть нужно - другой вопрос )