Хочется именно свой велосипед?
Или чем-то не устраивает масса существующих?

>Как я понял у нас применяется MFM кодирование
У Вас - это у кого?

> что у нас есть только индекс начала дорожки, но нет никакого строб сигнала
Понял, вопросы снимаю ;-)