Чтобы получить HEX-файл надо выберать в меню Скетч Arduino IDE пункт "Экспорт бинарного файла" HEX-Файл появится в папке проекта.
Только перед этим нужно выбрать требуемую плату или аддон и нужною частоту тактирования МК.
А по красивому, автору следовало бы вывести на отдельный разъём rxd/txd, с тем что бы в дальнейшем загружать загрузчиком.