Красные джамперы выбирают конфигурацию устройства, посмотрите в README. Тремя джамперами выбираются биосы (Sunrise или Nextor) для IDE контроллера, очерёдность устройств (если оба активны), а также есть выбор варианта работы слота (расширенный на два устройства или нерасширенный на одно устройство). Если бы вы поставили на место чип контроллера и выбрали дисковод как устройство в нерасширенном слоте, то увидели бы желаемую картину. Без подключенного дисковода со вставленной системной дискетой комп вышел бы в Бейсик.
Признак работы IDE контроллера - автодетект карты биосами при старте системы. Они выводят свои сообщения при детектировании CF карты. Без карты с системными файлами комп выйдет в Бейсик. Если выбран биос Nextor то командой call fdisk из Бейсика можно вызвать утилиту для работы с разделами на карте.
Разъем JTAG впаивать для однократной прошивки ПЛИС вовсе необязательно. Хватило бы и штырьков вставленных в разъём "мама" программатора.
Ответить с цитированием