Я тут подумал, что кварц на 16МГц для запуска мультиконтроллера мне не нужен. Он нужен для чипа контроллера дисковода. Пока можно прошить Альтеру и ROM, воткнуть в слот MSX и посмотреть происходил ли загрузка внешнего ROM.
Итак, прошиваем Альтеру. Для этого нам нужно подавать на плату внешнее питание 5 вольт.
Можно взять его со слота MSX, но Кристиано Гонсалвес рекомендует не рисковать и подать внешние 5 вольт через разъем. Что мы и сделаем. Припаял гребенку на плату. После прошивки ее можно убрать.
Для подключения программатора типа Altera Blaster надо установить на плату 10-ти пиновый разъем. По совету Кристиано Гонсалвеса я этот разъем не паял, а просто прижимал руками во время прошивки. В дальнейшем он не нужен, а места занимает много и будет мешать корпусу.


Подключаем Бластер к компьютеру:

Подключаем Бластер к разъему на плате мультиконтроллера.
Подключаем к плате мультконтроллера 5 вольт. Я использую плату Скорпиона. Она просто лежит рядом на столе 
Открываем Quartus Programmer 13.
Жмем Add File и выбираем нужный нам файл прошивки fdd_ide.pof
Ставим галки Program/Configure и Verify
Для начала программирования нажимаем Start.
Если все удачно, то программирование занимает пол минуты.
С первого раза у меня не получилось прошить Альтеру. Функция автодетекта правильно определяла тип Альтеры, но при попытке ее прошить давала такую ошибку:
Код:
Error (209001): JTAG ID code specified in JEDEC STAPL Format File does not match any valid JTAG ID codes for device
Немного погуглил, но ответа не нашел. Поэтому поставил другую Альтеру, которую купил на Али. С ней прошивка прошла успешно:

Осталось прошить ROM, но тут я понял, что мой программатор Т48 остался на работе. Поэтому придется ждать до завтра...