Вопрос решён. Да, включение сигнала TRDOS по условию "Исполнение команды из области 3D00h-3DFFh при активном ROM 48K" и его отключение при исполнении команды по адресу 4000h и выше достаточно для запуска TR-DOS.

Была проблема с выключением сигнала TRDOS в результате неправильной дешифрации адреса, отсюда и возник вопрос.