дело обстоит так:
Для модели Scorpion:
- Если текущий такт нечётный, то следующая команда длиться на 1 такт больше
- Даже если текущая команда нечётнотактовая, то её длительность увеличивается на 1 такт

т.о. реально на нечётнотактовых командах идёт увеличение их длительности (LDIR в цикле занимает 21 такт для начала и все остальные циклы по 22 такта, если попала на чётный такт, все циклы по 22 такта, если попала на нечётный такт

Для модели пентагон нет никаких анормальных увеличений длительности команд.

Т.е. предположение о задержке, вносимой за счёт Wait получает хорошую почву.
Но всё же непонятно, почему однотипные команды (те же Ret Z и Ret PE) работают разной длительностью?