Насчёт протокола ничего ценного сказать не могу

Может лучше ваще использовать сам спек для руления карточкой напрямую , т.е. юзать мегу16 только как аппаратный SPI (при загрузке/выгрузке дампов). А в качестве доп мозгов можно заюзать не используемую страницу видео мозгов (в 48к варианте (и прочие не используемые страницы не видео мозгов в 128к варианте)).