В голову пришло пока то, что:

1. Исчезнет обратная совместимость
2. Опять будет "один сломал, второй потерял, концов не нашли"
3. Нельзя будет скомпилировать просто sjasm 1.asm, придётся какие-то баш-скрипты/батники/етц изобретать, не все это умеют/хотят.

Наверняка есть и другие минусы.