"Приступить к копирожанию"?
Искы же есть, например, на заврах. Там же есть и весь софт вплоть до KDE. А делать платформу без софта сейчас уже не прокатит. Linux бы я выбрал как более распространённый вариант, к которому может примкнуть бОльшая по сравнению с eCos community.
USB и уж тем более CF в Linux поддерживаются хорошо, про остальноене в курсе. Java вместе с акселями не нужна, зачем оно, если можно скомпилить нативный код?