У Брюса Аббота, автора ATF Blaster, выложены исходники прошивалки. Из них, конечно, выпотрошить собственно знание об алгоритмах прошивки будет малость хлопотно, но возможность шить через USB (ардуина, stm32f1 etc) бесценна.
Я бы еще предложил посмотреть на flashrom и реализацию протоколов serial prog для него.