С NANDами имел много дела. Длина их макро цикла четко регламентируется использованием специального вывода READY/BUSY. Поэтому всегда можно четко знать, сколько ждать. Касаемо USB - есть же готовые и достаточно быстрые решение, от того же FTDI. Да даже по COM они позволяют раскочегариться до 460кБит (Тритон работает на этой скорости и ничего с ним не происходит).