1. В случае, если вдруг оказалось что программа не поддерживает квантование своего времени - т.е. она не использует принципы и соглашения невытесняющей многозадачности, в результате после прихода прерывания этот факт будет отслежен (после того как отработает обработчик прерывания и передаст управление на диспетчер потоков). А принципы и соглашения следующие: если есть возможность выполнив какую то элементарную операцию отдать управление системе, то это надо делать; элементарная операция является таковой если она длится менее 5 мсек.
2. Программа следует указанным правилам и соглашениям, но просто она попала на границу псевдокванта. В таком случае всё равно происходит передача управления на диспетчер потоков и никаких последствий.