Про Quartus не скажу, пока хватает MAX-а (v10.0).

...например:
1) сразу "в лоб" не удалось реализовать кусок схемы на DD4 из Pentagon128.
2) Первый вариант моей прошивки P1024SL2 был с использованием библиотек 74***. В последствии создал свою библиотеку... и как-то по-свободнее в ПЛИСине стало.