Случайно набрел на эту тему, и вспомнил.

В одно время я занимался "обработкой" Элиты в оной IDA Pro. Изначально в досовой версии. Все шло просто прекрасно, пока я не надумал перейти на виндовую версию. Она сконвертировала файл проекта (в старой он уже не открывался), и... Ассемблированный код перестал соответствовать исходному, игра напрочь перестала работать. Я сперва офигел. Потом заметил именно то, что вы тут описываете - все выражения относительно меток она стала выдавать в скобках, что приводит к совсем иным командам ассемблера.

Тогда я так и не справился с этим, и пришлось забросить дело. Хотя разобрано было очень немало, и многим меткам были даны нормальные понятные имена.

Поискал сейчас на винте - проект все еще сохранился. Дата - май 2005 года. Интересно, можно ли что-либо еще с этим сделать?

PS: Ах да, вспомнил. Тогда я остановился на мысли, что нужно править плагин процессора к IDA, чтоб тот выдавал нормальный асм-текст. Но до того так и не добрался.