Это особые пины, которые имеют специальную функцию в режиме загрузки Active Serial, но в принципе могут быть I/O после конфигурации. По-моему эти два не используются никаким специальным образом (хотя, если на DE2 тоже Cyclone II, то они там тоже должны быть). Используется nCEO. На DE1 nCEO/W20 мудрость разработчиков не позволила им обойти стороной такой сочный двусмысленный пин, он использован как SD_DAT.