если имеется защита, она должна работать
А раз защита не терпит вмешателства внутрь себя, то просто его и не будет.
Именно для этого имеется режим совместимости: ОСь теряет контроль над машиной за счёт повышения уровня совместимости со старыми программами.
Если не совсем понятно что это значит, то вспомните в версиях 95/98 Windows была такая весчь как "перезагрузить компьютер в режиме MS-DOS".
Насчёт автоматизации: дело в том, что подавляющее большинство старых программ не имеет данных для интерфейса компоновщика (см. http://zx.pk.ru/showthread.php?t=759 а так же http://zx.pk.ru/showthread.php?t=568), потому система сразу может выдать сообщения типа "рекомендуемый режим - режим совместимости" и после согласия соответственно сохранить себя и запускать программу на страх и риск запускающего (о чём собственно тоже предупреждается).